水是常規的清洗劑，水可溶解稀釋強極性的無機物、有機物；酸性清洗劑主要以硝酸、磷酸、檸檬酸等為主體，酸性清洗劑可除去堿性洗劑不能除去的頑垢，如：無機酸、鈣鹽等；堿性清洗劑主要以氫氧化鈉、碳酸氫鈉等為主體，堿性清洗劑對有機物有良好的溶解作用，在高溫下具有良好的乳化性能。

全自動清洗系統中使用的殺菌劑主要以高溫熱水、雙氧水、過氧乙酸等為主體，殺菌劑對微生物和細菌有殺滅效果。當全自動清洗系統應用于食品行業中的時候，氫氧化鈉和硝酸作為清洗劑應用廣泛。

堿類洗滌劑對含蛋白質較高的污物有很好的去除作用，但對食品橡膠墊圈等有一定腐蝕作用。酸類洗滌劑對堿性清洗劑不能去除的頑垢有較好效果，但對金屬有一定的腐蝕性，應添加一些抗腐蝕劑或用清水沖洗干凈。

清洗劑濃度提高清洗劑濃度時，可適當縮短清洗時間或彌補清洗溫度的不足。清洗劑濃度增高會造成清洗費用的增加，而且濃度的增高并不一定能有效地提高清洗效果，因此廠家有必要根據實際情況確定合適的濃度。

全自動清洗系統清洗時間清洗時間受許多因素的影響，如清洗劑種類、濃度、清洗溫度、產品特性、生產管線布置以及設備設計等。清洗時間必須合適，太短不能對污物進行有效去除，太長則浪費資源。